合同補充協議簽署在后，一般以補充協議所約定內容為準。具體依據如下：

1、補充協議中一般都會在尾部寫明“原合同與本補充協議不一致的，以本補充協議為準”;

2、補充協議簽署在后，與主合同不一致，應視為雙方對主合同的變更，因此應以補充協議為準。合同是當事人或當事雙方之間設立、變更、終止民事關系的協議。依法成立的合同，受法律保護。

補充協議與原合同的效力是什么?

一般來說，補充協議與原合同的效力一致，兩者發生沖突時，一般以在后成立的補充協議的約定為準，但是當事人另有約定的除外。